Фундаментальные и прикладные научные исследования, проводимые в Педиатрическом университете,полностью охватывают современную проблематику медицины, психологии, демографии и экологии. 

• выполнение научно-исследовательских работ;
• аспирантура, докторантура и соискательство;
• патентная деятельность;
• работа с федеральными и отраслевыми информационными фондами и базами данных;
• научно-исследовательская работа студентов и молодых ученых;
• издательская деятельность;
• проведение конференций;
• просветительская деятельность. 

• Проблемы перинатальной медицины.
• Влияние медико-социальных и психологических факторов на здоровье матери и ребенка, а также на его развитие.
• Педиатрические аспекты предиктивно-превентивной и персонализированной медицины.

По данным на апрель 2025 г. суммарное число публикаций сотрудников Университета в РИНЦ составило 62325 статей с общим количеством цитирований 505643. За последние 5 лет (2020 – 2024) сделано 21872 публикации, из них 1179 статей в зарубежных журналах и 11185 статей в российских, а число статей в журналах, входящих в Web of Science и Scopus составило 4510. Общее количество публикаций в российских и иностранных журналах, постоянно растет (2004–2008 гг. — 1145; 2009–2013 гг. — 2085, 2014–2017 гг. — 10811, 2015–2019 гг. – 15185, 2018–2022 гг. – 18700, 2019-2023 гг. — 19617, 2020-2024 гг. — 21872).

Научные статьи 

Актуальным является дальнейшее улучшение наукометрических показателей как критериев результативности деятельности вуза. По индексу Хирша Педиатрический университет занимает 1-е место среди всех высших учебных заведений РФ по медицинскому направлению, 3-е место среди всех высших учебных заведений РФ, 7-е место среди всех организаций РФ. 

По критериям результативности каждый год министерство проводит мониторинг различных показателей, в число которых научная деятельность входит отдельной строкой. Эффективность научной работы оценивается по количеству статей в изданиях, входящих в перечень ВАК, и зарубежных публикаций, числу патентов и грантов. По результатам ежегодного мониторинга министерства здравоохранения показатели Педиатрического университета наиболее высокие в городе, и из года в год по критериям научной деятельности мы улучшаем свои позиции.

Многие научные исследования, проводимые специалистами Университета, поддержаны грантами, как Российскими, так и Международными.

С 2014 г. появилась возможность доступа к информационным базам данных ClinicalKey и Scopus. 

Высокий уровень научной работы на всех кафедрах и подразделениях Университета обеспечивается при поддержке Научного отдела, возглавляемого проректором по научной работе д.м.н., проф. Р.А.Насыровым. Научный отдел в своей деятельности опирается на Проблемные комиссии, детально прорабатывающие все предлагаемые темы научно-исследовательских работ (НИР); на Научно-координационный совет, утверждающий рассмотренные на проблемных комиссиях НИР; на работу собственных подразделений: отдел аспирантуры и докторантуры (М.Ю. Дайнеко, О.Г.Данилейко), оформление регистрационных карт и работа с РИНЦ (И.Л. Третенко), кабинет по охране интеллектуальной собственности (патентовед Н.Е. Ляпунова). 

Большое значение придается работе студентов в научных кружках, организованных почти при всех кафедрах. Эта работа — одна из важнейших форм учебного процесса, призванная создать основу для дальнейшего развития науки, взращивания научных кадров. В кружках СНО студенты приобщаются к специфике научной работы, ведению эксперимента, а на клинических кафедрах еще и к более тесному контакту с больными, овладению клиническим мышлением. Научная тематика студенческих работ является частью исследований, проводимых коллективами кафедр. Совет СНО (научный руководитель — д.м.н. Г.О. Багатурия) ежегодно организует научные конференции, рекомендует лучшие работы для представления на межвузовские конференции. Многие студенты участвуют во всероссийских и международных конкурсах студенческих работ. Из студентов, активно работающих в СНО, формируются затем кадры будущих аспирантов и клинических ординаторов, многие преподаватели начали свой путь в науку со студенческого кружка. 

Научно-исследовательский центр (НИЦ) является структурным подразделением научно-исследовательского отдела Университета. Произведена реорганизация работы НИЦ, как базы для проведения фундаментальных и прикладных исследований по направлениям «Нейрокогнитивные технологии» и «Биоинженерные органы». 

В 2017–2018 г. Университетом проведены 16 международных конференций и съездов, 26 всероссийских, 15 региональных и 19 городских научно-практических конференций и семинаров. Предлагаются новые формы проведения школ-семинаров для молодых ученых и специалистов. 

С 2010 г. в Университете издается журнал «Педиатр». На страницах журнала объединена фундаментальная наука и практика, представлены последние перспективные исследования во всех направлениях медицины, прежде всего педиатрии, перинатологии, неонатологии, акушерства и гинекологии и пр., отражено инновационное движение отечественной медицинской науки и зарубежных достижений в медицине и биологии. Помимо русскоязычного сайта журнала «Педиатр» в конце 2013 г. появилась и англоязычная версия сайта, позволяющая пользоваться ею как читателям, так и потенциальным авторам публикаций, не владеющим русским языком. Журнал реферируется РЖ ВИНИТИ, внесен в список журналов ВАК, представлен в e-LIBRARY, планируется регистрация в международных базах данных (Scopus, WebofScience).

Кроме журнала «Педиатр» в Университете издаётся ряд других журналов: 

• Children's medicine of the North-West. Выходит с 2005 года. 4 раза в год. Входит в Перечень ВАК, РИНЦ. В журнале публикуются результаты работ, посвященных широкому спектру проблем педиатрии, неонатологии, организации здравоохранения,   гастроэнтерологии и диетологии, аллергологии и иммунологии, эндокринологии, стоматологии,  хирургии, акушерства-гинекологии,— от фундаментальных исследований до научно-методических рекомендаций, литературных обзоров и метаанализов, лекций, разборов клинических случаев.
• Russian Biomedical Research. Российские биомедицинские исследования). Выходит с 2016 года. 4 раза в год. Входит в Перечень ВАК, РИНЦ. Журнал публикует обзорные, оригинальные, методические, исторические и прочие статьи, посвященные медико-биологическим дисциплинам, на русском и английском языках.
• Визуализация в медицине (Visualization in medicine). Выходит с 2016 года. 4 раза в год. Входит в Перечень ВАК, РИНЦ. Журнал публикует оригинальные клинические и экспериментальные исследования по лучевой диагностике различных заболеваний, статьи по эффективности рентгеноконтрастных и магнитно-резонансных контрастных средств, а также клинические наблюдения на основе сопоставлений морфологических и лучевых исследований, лекции по специфике применения лучевых исследований в клинической практике, обзоры литературы по новейшим достижениям в области диагностики заболеваний и особенностей диагностических методик и др.  
• Медицина и организация здравоохранения (Medicine and health care organization). Выходит с 2016 года. 4 раза в год. Входит в Перечень ВАК, РИНЦ. Журнал публикует оригинальные, методические, обзорные, исторические и другие статьи, посвященные современным проблемам медицины и организации здравоохранения.
• Медицина: теория и практика (Medicine: theory and practice). Выходит с 2016 года. 4 раза в год. Входит в Перечень ВАК, РИНЦ. Журнал публикует оригинальные исследования, обзоры, лекции, дискуссии по разделам: клиническая медицина, профилактическая медицина, медико-биологические науки и фармацевтические науки.
• University Therapeutic Journal. Выходит с 2019 года. 4 раза в год. Входит в Перечень ВАК, РИНЦ. Тематика журнала включает в себя широкий спектр терапевтических специальностей, в том числе педиатрию, кардиологию, пульмонологию, гастроэнтерологию, гериатрию и другие. Мультидисциплинарный подход к формированию научно-практической составляющей журнала не оставит в стороне и смежные специальности, такие как хирургия, эндоскопия, микробиология и экспериментальная медицина.   
• Forcipe. Выходит с 2018 года 4 раза в год. Входит в  РИНЦ. Журнал представляет собой научно-исследовательское мультидисциплинарное издание, нацеленное на публикацию оригинальных статей молодыми учеными, студентами и их руководителями. Тематика публикуемых работ самая разнообразная: от современных методов диагностики и лечения до решения актуальных вопросов медицинского образования. Наряду с оригинальными статьями представлены редкие клинические наблюдения и обзоры литературы, помогающие ориентироваться во всё нарастающем потоке медицинской информации.

Основными партнерами СПбГПМУ по научному сотрудничеству являются: Институт биологии развития им. Н.К. Кольцова РАН, Институт эволюционной физиологии и биохимии им. И.М. Сеченова РАН, Институт высокомолекулярных соединений РАН, Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербургский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера.